La serie sigue las aventuras de cuatro pingüinos, Skipper, Kowalski, Rico, y Private, en el zoológico de Central Park. Los pingüinos llevan sus misiones en su hábitat en el Parque Central. Aparecen también Julien, el rey de los lémures, y sus súbditos Maurice y Mort, sus nuevos vecinos, que constituyen la exhibición de lémures en el zoológico. Ahora los pingüinos deben mantener las cosas bajo control, a pesar de las payasadas de los lémures, así como auxiliar en labores poco comunes o aventuras fuera de lo común.
Los cuatro pingüinos hacen su aparición también en las siguientes películas:
- Madagascar (2005)
- Madagascar 2: Escape de África (2008)
- Madagascar 3: De marcha por Europa (2012)
- Los pingüinos de Madagascar